Din iulie 1998, Automobili Lamborghini S.p.A. a devenit membra a grupului Audi. Imediat dupa preluare, Audi a reorganizat firma. Automobili Lamborghini S.p.A. a devenit Automobili Lamborghini Holding S.p.A.. Din noiembrie 1998, au devenit functionale societatea de productie Automobili Lamborghini S.p.A. (autoturisme sport), Motori Marini Lamborghini S.p.A. (motoare pentru barci de curse), Lamborghini ArtiMarca S.p.A. (merchandising) si, din septembrie 2000, VOLKSWAGEN GROUP ITALIA S.P.A., importatorul principal in Italia al marcilor Audi, SEAT, Skoda, Volkswagen si Volkswagen autoutilitare.

Producatorul de automobile sport de lux fabrica aici modelele Murcielago Coupe si Roadster, Gallardo Coupe si Spyder, precum si motoare si sisteme de transmisie. Uzina italiana din Sant’Agata Bolognese a avut in 2004 o productie record de 1.678 automobile. Dintre acestea, 304 unitati din modelul Murcielago Coupe, 1.294 unitati de Gallardo si, in premiera, 80 de unitati de Murcielago Roadster. In 2005, muncitorii au produs un numar identic de automobile super-sport. Lamborghini avea in 2005 aproximativ 700 de angajati.

Din 2004, noul „Centro Stile Lamborghini“ gazduieste, pe langa centrul de design, si un atelier de restaurare a autovehiculelor istorice, precum si un serviciu de relatii cu clientii pentru toate modelele Lamborghini fabricate vreodata. In cladirile din Sant’Agata se regaseste si Flagship-Store al ArtiMarca, precum si noul muzeu care prezinta istoria completa a acestei marci.